Diversität bezieht sich auf die Vielfalt der bakteriellen Arten im Darmmikrobiom. Eine höhere mikrobielle Diversität wird allgemein mit besserer Verdauungsgesundheit, Immunfunktion und Widerstandsfähigkeit gegenüber Krankheitserregern in Verbindung gebracht. Eine niedrige Diversität hingegen kann mit Entzündungen, schlechter Nährstoffaufnahme und verschiedenen chronischen Gesundheitszuständen verknüpft sein.